办理预包装食品备案凭证是确保食品经营合法性和食品安全的重要步骤。根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，仅销售预包装食品的经营者应当向所在地县级以上地方人民政府食品安全监督管理部门备案。以下是办理预包装食品备案凭证的具体流程及三个必备材料的详细介绍。

首先，在申请预包装食品备案凭证前，经营者需要充分了解相关的法规和要求。这包括了解备案的具体流程、所需材料以及当地食品安全监督管理部门的具体规定。确保在申请过程中能够准确、完整地提供所需信息，避免因信息不全或不符合规定而导致申请被拒。

在准备材料方面，以下是三个必备材料：

一是企业营业执照。营业执照是企业合法经营的凭证，也是申请预包装食品备案凭证的基础材料。经营者需要确保营业执照处于有效期内，且经营范围包含预包装食品销售。

二是法定代表人身份证明。这一材料用于证明经营者的合法身份和资格。在提交申请时，需要提供法定代表人的身份证复印件或其他有效身份证明文件。

三是预包装食品的标签和说明书。这些材料是确保食品安全的重要环节，也是食品安全监督管理部门审核的重点。经营者需要确保预包装食品的标签和说明书内容真实、准确、完整，符合相关法律法规的要求。

准备好以上材料后，经营者可以通过线上或线下方式向所在地县级以上地方人民政府食品安全监督管理部门提交备案申请。线上申请通常需要通过相关的政务服务平台或APP完成，而线下申请则需要前往当地食品安全监督管理部门提交书面申请和相关材料。

提交申请后，食品安全监督管理部门将对申请进行审核。审核过程中，可能会对企业的生产经营场所进行现场核查，以确保符合规定条件。如果审核通过，将颁发预包装食品备案凭证；如果审核不通过，将书面说明理由。

需要注意的是，在办理预包装食品备案凭证过程中，经营者应确保所提供的材料真实、准确、完整。同时，应积极配合食品安全监督管理部门的审核工作，及时提供所需信息和资料。在取得备案凭证后，经营者应严格遵守相关法律法规的要求，确保预包装食品的安全和质量。